Na místě kostela sv. Jošta stál pravděpodobně už v roce 1317 malý kostelík. Ten byl na konci 16. století nahrazen novým, renesančním, jehož věž byla později ještě barokně upravena. Architektem renesanční přestavby byl Domenico Cometta, mimo jiné autor Budějovické brány. Kostel byl v rámci Josefinských reforem roku 1788 zrušen a prodán krumlovskému měšťanu Koutnému. Interiér budovy byl poté dodáním dvou nových podlaží zcela přestavěn a během následujících dvou staletí se zde vystřídaly podniky jako hostinec, kasino, krámek Josefa Seidela či prodejna Baťa. Dnes se v budově nachází dva obchody, byty a muzeum loutek.