Úplně první železnice na území Čech, koněspřežná dráha, vznikla nedaleko od Krumlova – propojovala České Budějovice a Linz, a byla dokončena v roce 1832. V kontextu toho byl Krumlov na železniční trať napojen poměrně pozdě, až na sklonku 19. století, v rámci propojení Budějovic a Želnavy. I zde se ale původně nepočítalo s vedením tratě přes Krumlov, k jeho zapojení došlo až díky přímluvě Jana Adolfa II. ze Schwarzenbergu. První vlak z Budějovic do Krumlova dorazil v roce 1891 a cesta mu trvala přes dvě hodiny. Dvoupodlažní nádražní budova vznikla podle typizovaného projektu Rakouské společnosti místních drah a podobné typizované stavby tak můžeme najít na mnoha dalších nádražích v jižních Čechách. Ve 20. i 21. století pak byla vícekrát upravována a v prostoru nádraží byly dostavovány a přestavovány další utilitární stavby. Jako mnoho nádražních budov po celé republice se i krumlovská stavba dnes jeví jako značně předimenzovaná, protože již neslouží tak široké škále účelů, s jakými se při její výstavbě počítalo.